Ben Affleck decidiu ser ator desde que se lembra, e sua primeira experiência de atuação foi para um comercial do Burger King, quando estava na minissérie da PBS, The Voyage of the Mimi (1984). Foi também nessa idade que Ben conheceu seu amigo de longa data e colega ator, Matt Damon. Eles jogaram na liga infantil juntos e fizeram aulas de teatro juntos. A adolescência de Ben consistiu principalmente em filmes para TV e pequenas aparições na televisão, incluindo Hands of a Stranger (1987) e The Second Voyage of the Mimi (1988). Ele fez sua grande introdução em longas-metragens em 1993, quando foi escalado para Dazed and Confused (1993). Depois disso, fez principalmente filmes independentes como Mallrats (1995), de Kevin Smith, e Chasing Amy (1997), que foram ótimos para a carreira de Ben, recebendo reconhecimento renomado por seus trabalhos no festival de cinema de Sundance. Mas o sucesso que ele estava tendo em filmes independentes não durou muito mais e as coisas ficaram um pouco instáveis para Ben. Ele estava morando em um apartamento com o irmão Casey e o amigo Matt, cansado de ser rejeitado para os grandes papéis em filmes e recebendo os papéis coadjuvantes esquecíveis. Como Matt estava tendo o mesmo problema, eles decidiram escrever seu próprio roteiro, onde poderiam comandar tudo. Então, depois de terminar o roteiro de Good Will Hunting (1997), eles o entregaram ao seu agente, Patrick Whitesell, que o mostrou a alguns estúdios de Hollywood, sendo finalmente aceito pela Castle Rock. Foi uma ótima notícia para os dois, mas a Castle Rock não estava disposta a dar a Ben e Matt o controle sobre o projeto que eles esperavam. Foi o amigo Kevin Smith quem o levou ao chefe da Miramax, que comprou o roteiro dando a Ben e Matt o controle que queriam e, em 5 de dezembro de 1997, Good Will Hunting (1997) foi lançado, tornando os dois atores desconhecidos famosos. O filme foi indicado a 9 prêmios da Academia e ganhou dois, incluindo Melhor Roteiro Original para Ben e Matt. O filme marcou o papel de destaque de Ben, no qual ele recebeu pela primeira vez a chance de escolher papéis em vez de ter que passar por audições exaustivas constantemente.

Affleck escolheu tais papéis nos blockbusters Armageddon (1998), Shakespeare in Love (1998) e Pearl Harbor (2001). Nos primeiros anos dos anos 2000, ele também estrelou os sucessos de bilheteria Changing Lanes (2002), The Sum of All Fears (2002) e Daredevil (2003), bem como as comédias decepcionantes Gigli (2003) e Surviving Christmas (2004). Embora meados dos anos 2000 tenham sido considerados uma queda na carreira de Affleck, ele recebeu uma indicação ao Globo de Ouro por sua atuação em Hollywoodland (2006). Nos vários anos seguintes, ele desempenhou papéis coadjuvantes, incluindo nos filmes Smokin' Aces (2006), He's Just Not That Into You (2009), State of Play (2009) e Extract (2009). Ele se aventurou na direção em 2007, com o thriller Gone Baby Gone (2007), que estrelou seu irmão, Casey Affleck, e foi bem recebido. Ele então dirigiu, co-escreveu e estrelou The Town (2010), que foi nomeado para o Top Ten Films do National Board of Review do ano. Para o thriller político Argo (2012), que ele dirigiu e estrelou, Affleck ganhou o Globo de Ouro e o BAFTA de Melhor Diretor, e o Oscar, o Globo de Ouro e o BAFTA de Melhor Filme (segunda vitória de Affleck no Oscar).

Em 2014, Affleck estrelou a adaptação do livro thriller Gone Girl (2014). Ele estrelou como Bruce Wayne/Batman no filme de super-herói Batman v Superman: Dawn of Justice (2016), Suicide Squad (2016) e Justice League (2017). Ele reprisou o papel em Zack Snyder's Justice League (2021) e The Flash (2023).

Recentemente, ele deu performances dignas de elogios em The Way Back (2020) como um alcoólatra em recuperação, The Last Duel (2021) (notavelmente ele também co-escreveu o roteiro), e uma atuação rouba-cena indicada ao Globo de Ouro em The Tender Bar (2021).