Emily Watson iniciou sua carreira no teatro, tendo trabalhado em empregos administrativos e como garçonete antes de ser aceita em uma escola de teatro. Em 1992, ingressou na Royal Shakespeare Company, onde continuou seu trabalho nos palcos. Seu primeiro papel no cinema foi como Bess McNeill em Breaking the Waves (1996), após Helena Bonham Carter desistir do papel. Por essa estreia no cinema, Watson foi indicada ao Oscar. Ela continuou a obter sucesso na Grã-Bretanha com papéis principais em Metroland (1997) e The Mill on the Floss (1997), mas seu primeiro filme popular nos Estados Unidos veio em 1997, quando interpretou o interesse amoroso de Daniel Day-Lewis em The Boxer (1997).

Nos dois anos seguintes, ganhou aclamação da crítica por sua interpretação da violoncelista Jacqueline du Pré em Hilary and Jackie (1998) e conseguiu um pequeno papel no elenco de Cradle Will Rock (1999), de Tim Robbins. Aclamação da crítica e sucesso na América do Norte vieram juntos para Watson em 1999 com o lançamento de Angela's Ashes (1999), a adaptação cinematográfica do best-seller de Frank McCourt. Ela alcançou o topo do elenco como Angela McCourt, a trabalhadora mãe de vários filhos e esposa de um marido alcoólatra na Irlanda da era da depressão. Após papéis menos celebrados em Trixie (2000) e The Luzhin Defence (2000), Watson voltou a um elenco ensemble em Gosford Park (2001), de Robert Altman.

O status de Watson como atriz principal em grandes produções de Hollywood foi consolidado em 2002 com seus papéis em Red Dragon (2002), o terceiro filme da série Hannibal Lecter de Thomas Harris; o futurista Equilibrium (2002); e, mais notavelmente, em Punch-Drunk Love (2002), de Paul Thomas Anderson, contracenando com Adam Sandler. Enquanto retornava aos palcos em 2002 e 2003 em ambos os lados do Atlântico, Watson expressou interesse em voltar a trabalhar com Anderson.