Jonathan Rhys Meyers cresceu com uma infância conturbada e foi permanentemente expulso da escola aos 16 anos. Feliz por estar fora da escola, começou a passar tempo em um salão de sinuca local, onde foi descoberto pela Hubbard Casting. Os agentes de elenco estavam procurando talentos para a produção de David Puttnam de War of the Buttons (1994) e pediram que Rhys Meyers comparecesse a uma audição. Após três dias de audições, porém, ele não conseguiu o papel, e Rhys Meyers desistiu de suas aspirações como ator. Logo depois, recebeu um telefonema para fazer um teste para uma campanha publicitária nacional da Knorr Soup, e, embora constrangido pela atenção gerada pelo anúncio, logo se viu considerado para um grande filme. Sua estreia no cinema foi com um papel muito pequeno no filme A Man of No Importance (1994), no qual seu crédito de elenco é simplesmente "First Young Man". Seu primeiro papel principal foi no filme The Disappearance of Finbar (1996). Durante um adiamento de seis meses na produção, voltou para casa em Cork e lá recebeu um telefonema sobre o filme Michael Collins (1996). Viajou para Dublin para se encontrar com o diretor Neil Jordan e conquistou com sucesso o papel do assassino de Collins. Jordan escreveu sobre seu encontro com o ator: "Encontrei alguém para interpretar o assassino de Collins. Jonathan Rees-Myers (sic), do Condado de Cork, aparentemente, que se parece com um jovem Tom Cruise. [Ele] entra na sessão de elenco com uma certeza alarmante. Obviamente talentoso".

Rhys Meyers continuou trabalhando constantemente a partir desse ponto e apareceu em filmes como The Maker (1997), Telling Lies in America (1997) e The Tribe (1998). Passando a filmar The Governess (1998), B. Monkey (1998), Titus (1999) e Ride with the Devil (1999), recebeu aclamação da crítica por várias atuações, mais notavelmente como "Brian Slade" em Velvet Goldmine (1998), como "Steerpike" na minissérie britânica Gormenghast (2000) e como um simpático treinador de futebol em Bend It Like Beckham (2002). Rhys Meyers também é um talentoso cantor e músico, tendo feito seus próprios vocais em Velvet Goldmine (1998) e aparecido na trilha sonora do filme. Rhys Meyers ainda reside no Condado de Cork, Irlanda.