Ben Affleck quiso ser actor desde que tiene memoria, y su primera experiencia actoral fue para un comercial de Burger King, cuando estaba en la miniserie de PBS, The Voyage of the Mimi (1984). Fue también a esa edad cuando Ben conoció a su amigo de toda la vida y compañero actor, Matt Damon. Jugaban juntos en la liga infantil y tomaban clases de teatro juntos. Los años de adolescencia de Ben consistieron principalmente en películas para televisión y pequeñas apariciones televisivas, incluyendo Hands of a Stranger (1987) y The Second Voyage of the Mimi (1988). Hizo su gran introducción en los largometrajes en 1993 cuando fue elegido para Dazed and Confused (1993). Después de eso, hizo principalmente películas independientes como Mallrats (1995) y Chasing Amy (1997) de Kevin Smith, que fueron geniales para la carrera de Ben, recibiendo un reconocido aprecio por sus trabajos en el festival de cine de Sundance. Pero el éxito que estaba teniendo en el cine independiente no duró mucho más y las cosas se pusieron un poco inestables para Ben. Estaba viviendo en un apartamento con su amigo Matt, cansándose de ser rechazado para los grandes papeles en las películas y de que le dieran los papeles secundarios olvidables. Como Matt tenía el mismo problema, decidieron escribir su propio guion, donde podían tomar todas las decisiones. Así, después de terminar el guion de Good Will Hunting (1997), se lo dieron a su agente, Patrick Whitesell, quien lo mostró a algunos estudios de Hollywood, siendo finalmente aceptado por Castle Rock. Fueron grandes noticias para los dos, pero Castle Rock no estaba dispuesto a darle a Ben y Matt el control sobre el proyecto que esperaban. Fue el amigo Kevin Smith quien lo llevó al jefe de Miramax, quien compró el guion dándole a Ben y Matt el control que querían y, el 5 de diciembre de 1997, se estrenó Good Will Hunting (1997), haciendo famosos a los dos actores desconocidos. La película fue nominada a 9 Premios de la Academia y ganó dos, incluyendo Mejor Guion Original para Ben y Matt. La película marcó el papel decisivo de Ben, en el que por primera vez tuvo la oportunidad de elegir papeles en lugar de tener que pasar por audiciones agotadoras constantemente.

Affleck eligió tales papeles en los taquillazos Armageddon (1998), Shakespeare in Love (1998) y Pearl Harbor (2001). En los primeros años de la década de 2000, también protagonizó los éxitos de taquilla Changing Lanes (2002), The Sum of All Fears (2002) y Daredevil (2003), así como las decepcionantes comedias Gigli (2003) y Surviving Christmas (2004). Si bien mediados de la década de 2000 se consideraron un declive en la carrera de Affleck, recibió una nominación al Globo de Oro por su actuación en Hollywoodland (2006). En los años siguientes, interpretó papeles secundarios, incluso en las películas Smokin' Aces (2006), He's Just Not That Into You (2009), State of Play (2009) y Extract (2009). Se aventuró en la dirección en 2007 con el thriller Gone Baby Gone (2007), que fue bien recibido. Luego dirigió, coescribió y protagonizó The Town (2010), que fue nombrada entre las diez mejores películas del año por el National Board of Review. Por el thriller político Argo (2012), que dirigió y protagonizó, Affleck ganó el Globo de Oro y el BAFTA a Mejor Director, y el Premio de la Academia, el Globo de Oro y el BAFTA a Mejor Película (el segundo premio Óscar de Affleck).

En 2014, Affleck encabezó la adaptación cinematográfica del thriller Gone Girl (2014). Protagonizó como Bruce Wayne/Batman en la película de superhéroes Batman v Superman: Dawn of Justice (2016), Suicide Squad (2016) y Justice League (2017). Repitió el papel en Zack Snyder's Justice League (2021) y The Flash (2023).

Recientemente ha dado actuaciones dignas de elogio en The Way Back (2020) como un alcohólico en recuperación, The Last Duel (2021) (en particular, también coescribió el guion) y una actuación nominada al Globo de Oro que se roba la escena en The Tender Bar (2021).